Berikut ini Tokoh-tokoh yang pernah memimpin lembaga pendidikan tinggi ini sepanjang sejarahnya adalah: 

Prof. Abdul Kahar Mudzakir : Rektor UNISHA (1962-1963)
Brigjen Sudirman : Rektor UNISHA (1964)
Prof. M.T.T Abdul Muin : Dekan Fakultas Tarbiyah IAIN (1965-1972)
Prof. H Zaini Dahlan, MA : Dekan Fakultas Ushuluddin (1967-1974
Drs. H.O. Djauharuddin AR : Dekan Fakultas Tarbiyah (1972-1975)
Drs. Salim Umar, MA : Dekan Fakultas Tarbiyah (1975-1977)
Drs. Marzuki Dimyati : Dekan Fakultas Tarbiyah (1977-1980 dan 1990-1994)
Prof. DR. H. Muhaimin, MA : Dekan Fakultas Tarbiyah (1980-1987);
Drs. H. Syafiyuddin : Dekan Fakultas Tarbiyah (1987-1990)
Drs. H. Tauhid : Dekan/Pjs. Ketua STAIN Cirebon (1994-1998)
Drs.H. Djono : Ketua STAIN Cirebon (1998-2002)
Prof. DR. H. Imron Abdullah, M.Ag : Ketua STAIN Cirebon (2002-2006)
Prof. DR. H. Imron Abdullah, M.Ag : Ketua STAIN Cirebon (2006-2010)
Prof. DR. H. Mastna, M.A : Pjs. Rektor IAIN Syekh Nurjati Cirebon (2010-2011)
Prof. DR. Maksum M, M.A : Rektor IAIN Syekh Nurjati Cirebon (2011-2014)
Dr. H. Sumanta, M.Ag – Rektor IAIN Syekh Nurjati Cirebon (2015-2022).

Pada tahun 2024, IAIN Syekh Nurjati Cirebon berganti nama menjadi UIN Siber Syekh Nurjati Cirebon. Adalah Prof. Dr. H. Aan Jaelani, M. Ag yang menjabat sebagai rektor UIN Siber Syekh Nurjati Cirebon dengan masa jabatan 2023-2027. ***

Baca Juga: Orasi Denny JA: Penulis di Era Artificial Intelligence dan 6 Data Statistik

Penulis : Tias Atika Suri